En 1964, la Société d'histoire naturelle d'Autun fait donation de l'ensemble de ses collections à la ville d'Autun. A partir de cette date, elles seront hébergées dans une structure reconnue par l'Etat. Cette structure porte le nom de Muséum d'histoire naturelle. Son premier conservateur, Jacques de La Comble, prend à sa charge l'inventaire de cet immense patrimoine. Afin de le gérer dans les meilleures conditions de conservation, il engage, avec la municipalité, la construction d'un bâtiment qui aura vocation de réserve. Cette opération se réalise en 1975. En 1984, le nouveau conservateur, Gilles Pacaud, peut ouvrir, après de longues années de restructuration, les nouvelles salles d'expositions au public. En 2002, le muséum d'Autun devient Musée de France et il prend la dénomination de Muséum d'histoire naturelle Jacques de La Comble.