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L'ensemble de ces collections regroupe 100 000 pièces. Elles se complètent régulièrement par de nouvelles acquisitions. Celles-ci permettent d'appréhender la diversité des roches formant le sous-sol du Morvan, ainsi que le cortège minéralogique associé. Cette zone érigée à l'époque hercynienne (300 millions d'années) fut très abondamment exploitée pour la production de fluorine. Ce minerai intervient comme fondant en sidérurgie et dans la fabrication de l'aluminium. Les nombreuses carrières et mines parsemant le territoire morvandiau : l'Argentole (Saint-Prix), Voltenne (La Petite-Verrière), Maine (Reclesne), etc, furent autant de lieux de collectes d'échantillons. Ces exploitations ne sont plus en activité, elles ne produisent plus d'échantillons actualisés. Les collections minéralogiques du Muséum sont autant de joyaux témoins de l'existence de ces richesses minérales. Mises à la disposition des scientifiques dans le cadre de leurs travaux de recherches et d'inventaires, elles participent au développement des connaissances sur l'évolution géologique du secteur Autunois-Morvan.
Un minéral restera à jamais emblématique de la région : l'autunite. Découvert à Marmagne près d'Autun, peu avant les années 1800 par Joseph François de Champeaux, alors professeur à l'Ecole des Mines à Paris, ce minerai sera le point de départ de toute une filière énergétique basée sur les potentialités de l'atome.