Les animations scientifiques

Dans le cadre de ces activités de mise en valeur du patrimoine conservé en collections, le muséum organise autour de ses expositions des conférences avec ses partenaires, la Société d'histoire naturelle d'Autun, le parc naturel régional du Morvan, ainsi que des cafés des sciences sur des thèmes liés aux expositions avec l'Université de Bourgogne, particulièrement avec l'équipe de Daniel Raichvarg, Marie-Laure Baudement et Lionel Maillot. Les manifestations nationales telles que la nuit des musées, la nuit de la chouette, les journées du patrimoine sont mises à profit pour ouvrir l'établissement à un public le plus large possible. Dans le cadre de ses travaux scientifiques, le muséum organise des manifestations telles que des rencontres internationales avec des géologues (congrès international AGPT), des journées d'étude sur la biologie avec l'université de Bourgogne (BioEd, Expérimentarium)…

Une part importante de ses activités consiste en l'accueil de groupes scolaires, de visites guidées de groupes, d'animations dans le cadre des Classes à Horaires Aménagés avec les collèges de la région d'Autun. Le muséum s'ouvre aussi à des expositions pour des artistes dont les thèmes font référence à l'histoire naturelle.