Au cours des années 1880, l'intérêt pour les sciences naturelles grandit dans l'Autunois-Morvan. Mais à cette époque, la Société Eduenne, présidée par Gabriel Bulliot, occupe une place considérable dans le paysage culturel local. Elle se consacre notamment aux campagnes de fouilles archéologiques portant en particulier sur le site du Mont Beuvray. C'est pourquoi, en 1885, un des animateurs de la vie autunoise, Victor Berthier, sollicite de Gabriel Bulliot la possibilité de créer une société indépendante, dédiée aux sciences naturelles. Si Victor Berthier se passionne pour toutes les sciences naturelles, il sait s'appuyer sur des personnages dont les compétences sont plus spécifiques.
L'origine de cet intérêt et les buts de la Société d'Histoire Naturelle d'Autun sont rappelés dans le premier bulletin publié en 1888. Le plan d'études par lequel s'ouvre le bulletin est ainsi rédigé : « Les savants qui ont traité des sciences naturelles signalent l'Autunois et ses environs, y compris le Morvan, comme un champ aussi riche que varié ouvert aux investigations de la Géologie, de la Minéralogie, de la Paléontologie, ainsi qu'aux explorations de la Zoologie, de la Botanique et de l'Entomologie… Attirée par les recherches de MM. Brongniart, de Charmasse, Landriot, Pellat et autres, l'attention du monde savant s'est concentrée sur l'Autunois avec un intérêt toujours croissant, après les travaux de la Société géologique de France, et surtout depuis les belles découvertes de MM. Gaudry et Bernard Renault en Paléontologie animale et végétale.
Cet ébranlement scientifique n'a pas trouvé l'écho qu'on en pouvait attendre, par suite du manque de cohésion entre ceux que ces études intéressent. Nous sommes restés plus qu'indifférents à côté des merveilles que renferment notre remarquable formation houillère et la puissance de notre étage permien.